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古人將各種傳染性疾病泛稱為“瘟疫”，亦稱“大流行”，其中危害性最大的是傷寒、天花、白喉、鼠疫、猩紅熱、霍亂等。
遠的不說，明萬歷十年包括北京在內的華北、華中地區發生大規模瘟疫。崇禎十六年，京師出現疫情，當時疫情勢態極其嚴重，北京城死亡人數之多，竟達無人收尸的境地。清乾隆五十八年北京發生鼠疫，紀曉嵐在《閱微草堂筆記》中記述道：“乾隆癸丑春夏間，京中多疫，以張景岳法治之，十死八九。以吳又可法治之，亦不甚驗。”光緒二十八年六月，京津地區大范圍暴發霍亂。由于該病潛伏期較短，傳染性較強，發病突然，所以病人發病前并無什么癥狀，突然起病后，短者一二個時辰、半天左右就不治病死，長者也僅一二天身亡。數日內，京師霍亂因轉相傳染，形成了發病高峰，每天死人不計其數，一時間人心惶惶。
歷朝歷代對疫情的防控均以重視，并采取了多項措施予以救治與賑濟。
首先，是采取“離間”，防止人傳人。“離間”即今天所說的“隔離法”。一種是收容式隔離，在寺廟及空曠之所等專門開設“癘人坊”，收治傳染病患者。另一種是強制性隔離，官方或地方在疫情區封鎖各進出道路，并派兵丁鎮守。
其次，妥善處理尸體，防止二次傳染。迅速深葬遺體但凡是疫情爆發，就有有人因為疫情而死。由于瘟疫的傳染性，未經妥善安置的尸體將進一步傳染疾病，危害家人和環境。在當時，人們已經意識到了這件事情，據《周禮》記載，從先秦時期開始，凡遇民間大疫，官府都要采取措施，對民間尸體進行集中掩埋，作無害化處理。唐朝時期對瘟疫時期掩埋尸體十分重視，唐太宗曾派使者沿城巡行，發現尸骸迅速掩埋。唐玄宗在大疫期間下令，死者尸體一定要家人掩埋，無人管者，由地方官負責安置。這些措施，一定程度的減少了尸體上病毒繁殖傳染的幾率，降低了人們被二次感染的風險。
再次，積極為病人施治，研發新療法。我國古代有過很多的醫書，其中對瘟疫也有一定的研究。東漢時期的張仲景以治療“傷寒”病著名，其中醫經典著作《傷寒論》論述了對多種傳染性疾病不同時期的治療方法，不但書中的方藥沿用至今，其靈活多變的辯證施治方法奠定了中醫臨床實踐的基石。神醫華佗不但擅長外科，還有很多關于他治療各種傳染性寄生蟲病的記載。華佗發現用青嫩茵陳蒿草治療流行性“黃膽病”的療法。
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